어느 날 츠키시마의 보석상에 괴도 키드가 무언가를 훔치러 들어온다.
나가모리 경부는 군용 장비까지 동원하여 대대적으로 체포 준비에 나서지만 역시나 실패
코난은 특제 스케이트보드를 타고 괴도 키드를 추적하지만, 갑자기 나타난 누군가에게 보드가 두 동강이나며 괴도 키드를 놓쳐 버린다.
코난은 보드를 두 동강 낸 것은 참철검을 다루는 검사 [이시카와 고에몽]인 것과, [루팡]이 [괴도 키드]로 변장했다는 것을 알아챈다.

한편 [코난]의 추적을 뿌리친 [루팡]은
인질로 잡혀있는 [미네 후지코]와 교환할 물건을 훔치는 명령을 받았기 때문에 [괴도 키드]로 변장해서 무언가를 훔치려고 했던 것
코난은 TV에서 루팡의 파트너 [지겐 다이스케]의 모습을 발견하고 루팡 일당이 뭔가를 꾸미고 있는 것을 눈치챈다.
같은 시각, 은행 금고에 보관된 '체리 사파이어'를 받아가겠다는 예고장이 경찰에 도착했는데, 보낸 사람은 루팡 3세.
이에 코이치는 메구레 경부와 팀을 꾸려 루팡 체포에 나서지만 그것은 [루팡과 코난]이둘의 대결을 알리는 시작에 불과했다.